Es el tratamiento que se debe realizar cuando la caries, no restaurada, sigue avanzando, atraviesa la capa del esmalte y penetra en las capas interiores del diente, la dentina y la pulpa.
Para eliminar todas las bacterias causantes de la caries, se han de limpiar y desinfectar los conductos de las raíces por dentro, sellar con una pasta para que no entren más bacterias y posteriormente colocar un empaste.